Funeral de Juan Domingo Peron

Tras varios días de duelo nacional, en los que el cuerpo fue velado en el Congreso de la Nación por cientos de miles de personas, los restos fueron trasladados a una cripta en la Quinta Presidencial de Olivos. El 17 de noviembre de 1974 los restos de Evita, que habían quedado en España, fueron trasladados por el gobierno de María Estela Martínez de Perón y depositados en la misma cripta. Mientras tanto, el gobierno comenzó a proyectar el Altar de la Patria, un mausoleo gigantesco que albergaría los restos de Juan Perón, Eva Duarte de Perón, y todos los próceres de la Argentina.

Mientras se encontraba el cuerpo en el Congreso, desfilaron ante el féretro 135 mil personas; afuera, más de un millón de argentinos quedaron sin dar el último adiós a su líder. Dos mil periodistas extranjeros informaron de todos los detalles de las exequias.

Con la huida de López Rega del país y la caída del gobierno de Isabel, las obras del Altar de la Patria fueron suspendidas y los restos fueron trasladados al Cementerio de la Chacarita, en Buenos Aires.

Profanación

El 10 de junio de 1987 fue profanado el féretro, sustrayéndose las manos del cadáver. Se ignora el destino de las mismas o el motivo de dicha profanación,⁹⁰ pero existen diversas hipótesis sobre el motivo. En primer lugar, podría tratarse de una venganza: la profanación habría sido un acto de la célebre logia masónica Propaganda Due (P2), como respuesta a un incumplimiento de Perón, quien le solicitó su "ayuda" antes de asumir su tercer mandato. El operativo habría sido realizado en complicidad con miembros del Ejército, en el marco del plan de desestabilización contra la Democracia argentina.^91 92 La segunda hipótesis apunta a la existencia de una cuenta suiza: sus huellas digitales servirían para abrir sus propias cajas de seguridad en bancos suizos, donde habría guardados varios millones de dólares. Esta versión fue descartada porque en aquel momento en Suiza no existían cuentas con ese sistema.⁹² También se ha atribuido la profanación a las Fuerzas Armadas: hubo falsos informantes relacionados con esa institución, muchos testigos o informantes muertos sospechosamente relacionados con ésta, así como amenazas con indicios de provenir de fueros militares.⁹² Y finalmente, se ha señalado a la oposición: sectores anti-peronistas, en alusión a una declaración de Perón donde decía que se cortaría las manos antes de pedirle dinero prestado al Fondo Monetario Internacional, habrían llevado a cabo la cortadura de mano.

El 17 de octubre de 2006, sus restos fueron trasladados a la quinta de San Vicente, la cual le perteneció en vida y luego se convirtió en un museo en su honor. Durante el traslado se produjeron disturbios entre sectores del sindicalismo.